EchoCare:基于自监督学习的开源超声影像基础模型,支持多中心多设备泛化

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1. EchoCare 是什么

EchoCare 是一个面向超声临床应用的完全开源基础模型,基于大规模无标注超声影像数据集 EchoAtlas 训练而成。该数据集覆盖全球5大洲23个临床中心、38种不同超声设备,包含450万张图像,涵盖9大人体区域和52个解剖器官。EchoCare 通过自监督学习实现跨中心、跨设备、跨人群的良好泛化能力,可支持节点分类、病变检测、器官分割、地标定位、射血分数回归、图像增强、报告生成等多种临床任务。项目提供预训练模型、评估基准与技术文档,助力医疗AI研究者与临床医生快速落地超声影像智能化应用。

EchoCare 是由 CAIR-HKISI(香港影像与智能健康计算中心)团队开发的开源超声影像基础模型。它的核心目标是构建一个通用、可泛化、可扩展的超声AI基础平台,让研究人员与开发者可以基于统一的模型框架,快速适配不同的超声临床任务,而无需从零开始训练模型。

EchoCare 的特点在于:

  • 基于自监督学习:无需依赖大规模标注数据,降低了医学数据标注的成本与难度。

  • 多中心、多设备数据训练:提升了模型在不同临床环境下的稳健性与泛化性。

  • 覆盖广泛的解剖结构:可支持多种人体区域与器官的超声分析任务。

  • 完全开源:代码、预训练模型、数据集构建方法均对外开放。

2. 功能特色

2.1 大规模多样化数据集 — EchoAtlas

EchoCare 的训练数据来自团队构建的 EchoAtlas 数据集,其规模与多样性在公开超声数据中处于领先水平。

特性 描述
数据规模 450万张超声图像
覆盖区域 9大人体区域(腹部、背部、胎儿、心脏、肌肉骨骼、乳腺、甲状腺、头颈部、血管等)
解剖器官 52个器官/结构
数据来源 全球5大洲23个临床中心
设备多样性 38种不同型号超声设备
数据平台 来自 Figshare、Github、Grand-challenge、Kaggle、Mendeley、Zenodo 等

2.2 自监督学习能力

EchoCare 采用自监督学习方法,在无标注数据上进行特征学习。相比传统监督学习,它的优势在于:

  • 不需要人工标注,节省时间与成本。

  • 可以利用海量未标注临床数据提升模型鲁棒性。

  • 学到的特征可迁移到多种下游任务。

2.3 多任务支持

预训练后的 EchoCare 模型可通过微调适配多种临床任务:

任务类型 具体应用
节点分类 甲状腺/乳腺结节良恶性分类
病变检测 肝癌、肾结石等病灶检测
器官分割 肝脏、肾脏、心脏等结构分割
器官检测 自动定位超声图像中的器官区域
地标定位 心脏二尖瓣、颈动脉分叉点等关键位置检测
射血分数(EF)回归 心脏功能评估
图像增强 去噪、提升对比度
报告生成 自动生成超声检查结构化报告

2.4 跨中心与跨设备泛化

由于训练数据来自不同地区、不同品牌设备,EchoCare 在临床应用中表现出更好的适应性:

  • 减少因设备差异导致的性能下降。

  • 降低模型在不同医院部署的适配成本。

EchoCare:基于自监督学习的开源超声影像基础模型,支持多中心多设备泛化

3. 技术细节

3.1 模型架构

EchoCare 采用 基于 Vision Transformer (ViT) 的主干网络,并结合医学影像特点进行优化:

  • 输入图像尺寸:默认 224×224 或 384×384。

  • 分块嵌入(Patch Embedding):将图像划分为固定大小的patch并映射为向量。

  • Transformer Encoder:提取全局特征。

  • 多尺度特征融合:增强对不同尺寸病灶的识别能力。

3.2 自监督学习方法

EchoCare 使用 对比学习(Contrastive Learning) 作为主要自监督策略:

  • 通过数据增强生成不同视图(view)。

  • 最大化相同样本不同视图的特征相似度,最小化不同样本的相似度。

  • 采用动量编码器(Momentum Encoder)提升特征一致性。

3.3 训练流程

  1. 数据预处理

  • 从多源数据集中统一DICOM转码为PNG/JPEG。

  • 去除低质量与标注缺失图像。

  • 标准化像素值与尺寸。

  1. 自监督预训练

  • 在450万张无标注图像上进行训练。

  • 使用混合精度加速训练过程。

  1. 下游任务微调

  • 冻结主干网络部分层,只训练分类/分割/检测头。

  • 根据任务特点调整学习率与训练轮数。

3.4 评估基准

项目提供了标准化的评估流程与指标:

  • 分类任务:准确率(Accuracy)、灵敏度(Sensitivity)、特异度(Specificity)、AUC。

  • 分割任务:Dice系数、IoU。

  • 检测任务:mAP(mean Average Precision)。

  • 回归任务:MAE、RMSE、R²。

4. 应用场景

EchoCare 可广泛应用于超声影像分析的各个环节:

应用场景 输入 输出 价值
甲状腺结节筛查 甲状腺超声图 良恶性分类结果 提高筛查效率,减少漏诊误诊
心脏功能评估 心脏超声视频 射血分数(EF)值 辅助医生快速评估心功能
肝脏病变检测 腹部超声图 病灶位置与大小 早期发现肝癌等病变
产前胎儿检查 胎儿超声图 胎儿生长参数测量 辅助产科医生评估胎儿发育
乳腺结节分析 乳腺超声图 结节性质判断 提高乳腺癌早期诊断率
超声图像增强 低质量超声图 去噪、增强后的图像 改善图像质量,便于医生观察
结构化报告生成 超声图像+检查信息 自动生成结构化报告 减少医生文书工作时间

5. 使用方法

5.1 环境配置

# 克隆仓库
git clone https://github.com/CAIR-HKISI/EchoCare.git
cd EchoCare

# 创建并激活虚拟环境
conda create -n echocare python=3.9
conda activate echocare

# 安装依赖
pip install -r requirements.txt

5.2 数据准备

  • 下载 EchoAtlas 数据集(需同意数据使用协议)。

  • 将数据组织为指定目录结构:

dataset/
 ├── train/
 │   ├── class1/
 │   ├── class2/
 ├── val/
 │   ├── class1/
 │   ├── class2/

5.3 模型下载

预训练模型可从 Hugging Face 下载:

git lfs install
git clone https://huggingface.co/CAIR-HKISI/EchoCare-Base

5.4 微调模型

以甲状腺结节分类为例:

python train.py \
 --data_path ./dataset \
 --model_path ./EchoCare-Base \
 --task classification \
 --num_classes 2 \
 --epochs 50 \
 --batch_size 32 \
 --lr 1e-4

5.5 推理与评估

python evaluate.py \
 --data_path ./dataset/val \
 --model_path ./output/model_best.pth \
 --task classification

6. 常见问题解答(FAQs)

Q1: EchoAtlas 数据集如何获取?

A1: EchoAtlas 数据集托管在多个公开平台,需遵守各平台的数据使用协议。项目文档提供了完整的数据下载与整合指南。

Q2: 训练 EchoCare 需要什么硬件配置?

A2: 推荐使用至少 16GB VRAM 的 GPU(如 NVIDIA RTX 3090/4090 或 A100),预训练阶段建议多卡分布式训练。

Q3: 模型训练需要多长时间?

A3: 在 8×A100 GPU 上,自监督预训练约需 3-4 天;下游任务微调通常在几小时到一天内完成。

Q4: 是否支持其他医学影像模态?

A4: 当前版本主要针对超声影像优化,未来可能扩展至 CT、MRI 等其他模态。

Q5: 如何在私有数据集上微调模型?

A5: 只需将私有数据按指定格式整理,并修改训练脚本中的数据路径即可。

Q6: 模型是否支持多语言报告生成?

A6: 当前版本主要支持英文报告,可通过微调多语言文本数据扩展至其他语言。

Q7: EchoCare 的许可证是什么?

A7: 项目采用 Apache 2.0 许可证,允许商业与非商业使用,但需保留版权声明。

7. 相关链接

8. 总结

EchoCare 是一个面向超声影像的开源基础模型,依托大规模多中心多设备数据集 EchoAtlas,通过自监督学习实现了优异的跨场景泛化能力。其设计兼顾了临床实用性与技术先进性,支持节点分类、器官分割、病灶检测、功能评估、图像增强和报告生成等多种任务。开源的代码、预训练模型与详细文档,为医疗AI研究者与临床医生提供了便捷的落地工具,有助于推动超声影像智能化的普及与发展。

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THE END
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