EchoCare:基于自监督学习的开源超声影像基础模型,支持多中心多设备泛化
1. EchoCare 是什么
EchoCare 是一个面向超声临床应用的完全开源基础模型,基于大规模无标注超声影像数据集 EchoAtlas 训练而成。该数据集覆盖全球5大洲23个临床中心、38种不同超声设备,包含450万张图像,涵盖9大人体区域和52个解剖器官。EchoCare 通过自监督学习实现跨中心、跨设备、跨人群的良好泛化能力,可支持节点分类、病变检测、器官分割、地标定位、射血分数回归、图像增强、报告生成等多种临床任务。项目提供预训练模型、评估基准与技术文档,助力医疗AI研究者与临床医生快速落地超声影像智能化应用。
EchoCare 是由 CAIR-HKISI(香港影像与智能健康计算中心)团队开发的开源超声影像基础模型。它的核心目标是构建一个通用、可泛化、可扩展的超声AI基础平台,让研究人员与开发者可以基于统一的模型框架,快速适配不同的超声临床任务,而无需从零开始训练模型。
EchoCare 的特点在于:
基于自监督学习:无需依赖大规模标注数据,降低了医学数据标注的成本与难度。
多中心、多设备数据训练:提升了模型在不同临床环境下的稳健性与泛化性。
覆盖广泛的解剖结构:可支持多种人体区域与器官的超声分析任务。
完全开源:代码、预训练模型、数据集构建方法均对外开放。
2. 功能特色
2.1 大规模多样化数据集 — EchoAtlas
EchoCare 的训练数据来自团队构建的 EchoAtlas 数据集,其规模与多样性在公开超声数据中处于领先水平。
特性 | 描述 |
---|---|
数据规模 | 450万张超声图像 |
覆盖区域 | 9大人体区域(腹部、背部、胎儿、心脏、肌肉骨骼、乳腺、甲状腺、头颈部、血管等) |
解剖器官 | 52个器官/结构 |
数据来源 | 全球5大洲23个临床中心 |
设备多样性 | 38种不同型号超声设备 |
数据平台 | 来自 Figshare、Github、Grand-challenge、Kaggle、Mendeley、Zenodo 等 |
2.2 自监督学习能力
EchoCare 采用自监督学习方法,在无标注数据上进行特征学习。相比传统监督学习,它的优势在于:
不需要人工标注,节省时间与成本。
可以利用海量未标注临床数据提升模型鲁棒性。
学到的特征可迁移到多种下游任务。
2.3 多任务支持
预训练后的 EchoCare 模型可通过微调适配多种临床任务:
任务类型 | 具体应用 |
---|---|
节点分类 | 甲状腺/乳腺结节良恶性分类 |
病变检测 | 肝癌、肾结石等病灶检测 |
器官分割 | 肝脏、肾脏、心脏等结构分割 |
器官检测 | 自动定位超声图像中的器官区域 |
地标定位 | 心脏二尖瓣、颈动脉分叉点等关键位置检测 |
射血分数(EF)回归 | 心脏功能评估 |
图像增强 | 去噪、提升对比度 |
报告生成 | 自动生成超声检查结构化报告 |
2.4 跨中心与跨设备泛化
由于训练数据来自不同地区、不同品牌设备,EchoCare 在临床应用中表现出更好的适应性:
减少因设备差异导致的性能下降。
降低模型在不同医院部署的适配成本。
3. 技术细节
3.1 模型架构
EchoCare 采用 基于 Vision Transformer (ViT) 的主干网络,并结合医学影像特点进行优化:
输入图像尺寸:默认 224×224 或 384×384。
分块嵌入(Patch Embedding):将图像划分为固定大小的patch并映射为向量。
Transformer Encoder:提取全局特征。
多尺度特征融合:增强对不同尺寸病灶的识别能力。
3.2 自监督学习方法
EchoCare 使用 对比学习(Contrastive Learning) 作为主要自监督策略:
通过数据增强生成不同视图(view)。
最大化相同样本不同视图的特征相似度,最小化不同样本的相似度。
采用动量编码器(Momentum Encoder)提升特征一致性。
3.3 训练流程
数据预处理:
从多源数据集中统一DICOM转码为PNG/JPEG。
去除低质量与标注缺失图像。
标准化像素值与尺寸。
自监督预训练:
在450万张无标注图像上进行训练。
使用混合精度加速训练过程。
下游任务微调:
冻结主干网络部分层,只训练分类/分割/检测头。
根据任务特点调整学习率与训练轮数。
3.4 评估基准
项目提供了标准化的评估流程与指标:
分类任务:准确率(Accuracy)、灵敏度(Sensitivity)、特异度(Specificity)、AUC。
分割任务:Dice系数、IoU。
检测任务:mAP(mean Average Precision)。
回归任务:MAE、RMSE、R²。
4. 应用场景
EchoCare 可广泛应用于超声影像分析的各个环节:
应用场景 | 输入 | 输出 | 价值 |
---|---|---|---|
甲状腺结节筛查 | 甲状腺超声图 | 良恶性分类结果 | 提高筛查效率,减少漏诊误诊 |
心脏功能评估 | 心脏超声视频 | 射血分数(EF)值 | 辅助医生快速评估心功能 |
肝脏病变检测 | 腹部超声图 | 病灶位置与大小 | 早期发现肝癌等病变 |
产前胎儿检查 | 胎儿超声图 | 胎儿生长参数测量 | 辅助产科医生评估胎儿发育 |
乳腺结节分析 | 乳腺超声图 | 结节性质判断 | 提高乳腺癌早期诊断率 |
超声图像增强 | 低质量超声图 | 去噪、增强后的图像 | 改善图像质量,便于医生观察 |
结构化报告生成 | 超声图像+检查信息 | 自动生成结构化报告 | 减少医生文书工作时间 |
5. 使用方法
5.1 环境配置
# 克隆仓库 git clone https://github.com/CAIR-HKISI/EchoCare.git cd EchoCare # 创建并激活虚拟环境 conda create -n echocare python=3.9 conda activate echocare # 安装依赖 pip install -r requirements.txt
5.2 数据准备
下载 EchoAtlas 数据集(需同意数据使用协议)。
将数据组织为指定目录结构:
dataset/ ├── train/ │ ├── class1/ │ ├── class2/ ├── val/ │ ├── class1/ │ ├── class2/
5.3 模型下载
预训练模型可从 Hugging Face 下载:
git lfs install git clone https://huggingface.co/CAIR-HKISI/EchoCare-Base
5.4 微调模型
以甲状腺结节分类为例:
python train.py \ --data_path ./dataset \ --model_path ./EchoCare-Base \ --task classification \ --num_classes 2 \ --epochs 50 \ --batch_size 32 \ --lr 1e-4
5.5 推理与评估
python evaluate.py \ --data_path ./dataset/val \ --model_path ./output/model_best.pth \ --task classification
6. 常见问题解答(FAQs)
Q1: EchoAtlas 数据集如何获取?
A1: EchoAtlas 数据集托管在多个公开平台,需遵守各平台的数据使用协议。项目文档提供了完整的数据下载与整合指南。
Q2: 训练 EchoCare 需要什么硬件配置?
A2: 推荐使用至少 16GB VRAM 的 GPU(如 NVIDIA RTX 3090/4090 或 A100),预训练阶段建议多卡分布式训练。
Q3: 模型训练需要多长时间?
A3: 在 8×A100 GPU 上,自监督预训练约需 3-4 天;下游任务微调通常在几小时到一天内完成。
Q4: 是否支持其他医学影像模态?
A4: 当前版本主要针对超声影像优化,未来可能扩展至 CT、MRI 等其他模态。
Q5: 如何在私有数据集上微调模型?
A5: 只需将私有数据按指定格式整理,并修改训练脚本中的数据路径即可。
Q6: 模型是否支持多语言报告生成?
A6: 当前版本主要支持英文报告,可通过微调多语言文本数据扩展至其他语言。
Q7: EchoCare 的许可证是什么?
A7: 项目采用 Apache 2.0 许可证,允许商业与非商业使用,但需保留版权声明。
7. 相关链接
GitHub 仓库:https://github.com/CAIR-HKISI/EchoCare
预训练模型(Hugging Face):https://huggingface.co/CAIR-HKISI
论文(arXiv):http://arxiv.org/abs/2509.11752
8. 总结
EchoCare 是一个面向超声影像的开源基础模型,依托大规模多中心多设备数据集 EchoAtlas,通过自监督学习实现了优异的跨场景泛化能力。其设计兼顾了临床实用性与技术先进性,支持节点分类、器官分割、病灶检测、功能评估、图像增强和报告生成等多种任务。开源的代码、预训练模型与详细文档,为医疗AI研究者与临床医生提供了便捷的落地工具,有助于推动超声影像智能化的普及与发展。
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